Подскажите, если я подался на икамет, жду решения, и нужно слетать из Анталии в Стамбул, подскажите, будут ли проблемы при прохождении паспортного котроля?

Это же внутренний рейс. Не должно быть проблем.

На внутренних рейсах нет паспортного контроля, вы же не пересекаете границу у вас только сверят паспорт с посадочным и все.