Подскажите, если трудовой договор с российскими работадателем, в работать на территории КР, налог кому какой платить придется ?

Зависит от того, какая страна у вас в трудовом договоре указана.

Почитать про двойное налогообложения.

Если у вас указано место работы Россия, то налог платит ваш работодатель в России. Если страна указана за пределами РФ, то платите самостоятельно в стране проживания.

На доходы (НДФЛ) — в Кыргызстан, соцвзносы платит работодатель в РФ по общим правилам.