Можно ли лететь таким рейсом (с речекином в афинах) если есть внж кипра, но нет шенгенской визы?

Нельзя. в этой ситуации Вам нужно попасть внутрь Шенгена, пройдя границу Греции, что бы зарегистрироваться на рейс будучи в Греции. турки Вас даже не зарегистрируют на рейс в Афины.