С чего начать процесс репатриации в Израиль, если мой отец еврей? Как получить заветный паспорт? У меня нету метрик отца. И получить я их тоже не как не могу.

Берите свидетельство о его рождении в Москве в любом МФЦ + справку с иными сведениями. И почитайте в закрепе какие еще документы нужно собрать .

Вы можете обратиться в любой Загс РФ. У них единая электронная база данных. Они посмотрят и найдут запись про вашего отца. Дальше надо смотреть по ситуации. Если национальность и дополнительные сведения в электронной базе указаны, то просите вам выдать расширенную справку на свидетельство о рождении отца. С указанием национальности и всего остального. Если нет, узнаете (в Загсе своего города, например) в каком Загсе Москвы была сделана запись о его рождении, звоните туда, просите внести все данные в электронную базу данных и получаете полную справку в своём Загсе вашего города.