Можно ли въезжать в Турцию по одному загранпаспорту РФ, а выезжать по другому загранпаспорту РФ? Например, из-за того, что один лежит в Посольстве США в ожидании вклейки визы?

Можно вылететь со вторым паспортом, но обязательно иметь при себе либо первый паспорт со штампом, либо икамет в Турции, просто со вторым паспортом вас депортируют, так как вы не сможете доказать ваше легальное пребывание в Турции.