Мы с гражданской женой хотели съездить из Шарм-Эль-Шейха на экскурсию в Иерусалим, у нас был тур и обратные билеты.

Отказ во въезде и "депорт" в данном случае одно и то же. То есть просто так она в Израиль не может прилететь, условно, как турист, тк в компьютере пограничников о ней есть информация, что у нее уже была попытка "въезда с целью остаться в стране для неправомерной смены статуса/нелегальной работы". Не важно, что вы на самом деле ничего такого не пытались, никаких коварных намерений не имели, но пограничниками было принято такое решение и все, дальнейшие въезды в Израиль только после предварительного одобрения. Ну и вам нужно по Ступро смотреть, там вся информация по вашей ситуации. Раз вы уже израильтянин, а жена пока еще "гражданская", процедура свежего брака не для вас.