Когда проходят вместе супруги КП в израиле (один из которых нееврей), где указывается это разрешение от консула на получение алеф 5?

Где-то во внутренней их документации. Вам на руки ничего такого не выдают.

Получение алеф - это работа мвд, а не консула консул просто подтверждает ваш брак.