Подскажите, пожалуйста: что делать, если при при первичной проверке для репатриации в Израиль в аэропорту сказали, что у консула могут возникнуть вопросы, что я по Экстренной репатриируюсь из Англии, где пока еще живу по визе?

Ну... вы можете не заострять на этом внимание. Но если спросят - то лучше рассказывать все как есть. Последнее что вам надо - это чтобы консул заподозрил что вы хотите от него что то скрыть.

Лучше говорить, и при этом иметь в виду, что могут попросит справку о несудимости из любой страны, где Вы жили больше 3 (6) месяцев - цифры разные, потому что в Израиле индивидуальный подход, встречались обе версии.