Подскажите пожалуйста, имею два гражданства, Россия и Румыния, российский загран просрочен, по румынскому паспорту меня в Эстонию не выпускают российские пограничники, требуют рос загран, как быть?

Так и быть, делать загран. В России вы российский гражданин.

Логично, иначе виза нужна. В консульстве в Таллине делайте.

Или ехать в Румынию, от туда в Молдавию и в РФ пл внутр. паспорту РФ.

Логично требуют, тк без него границу РФ пройти только с визой. Попробуйте сделать пасплрт РФ в консульстве или через СНГ заехать, тк с просроченным паспортом РФ не должны пускать... или если не паспорт, тотхоть справку в консульство... обычно ее дают, кто паспорт теряет и пр.