Если прилетел в Индию по бизнес-визе, обязательно ли из Индии в Непал именно вылетать или можно например на поезде/автобусе доехать?

На любом виде транспорта. Самолётом нужно только в Индию первый раз прилетать, чтобы штампик получить в паспорт. После можно выезжать и заезжать любым транспортом.