Вылетаю из аэропорта вильнюса в 20:20, если автобус из Минска выезжает в 12:00 и приезжает в 16:20 к аэропорту. Успею на самолет?

4 часа- очень мало, особенно для дневного транзита.

Можете успеть но нет гарантии. Сколько автобус пробудет в пути заранее никак нельзя знать. Если будут "проблемные" пассажиры, он может задержаться несколько часов на границе. Так что лучше выезжать рано утром, чтобы успеть наверняка.