Влияет ли на что-то страна исхода в документах на репатриацию в Израиль ?

Влияет. На выплаты, например, квартирных (если ещё эта программа есть) и на прочие льготы, предоставляемые репатриантам из РФ. Теперь вам нужно доказать, что в реалиях вы репатриировались из РФ. Штампы о выезде из РФ в ЗП, транзитные билеты, трудовая (если работали до отъезда), чеки об оплате, иные билеты, если есть (типа Москва - Питер) и т. п. - т. е. всё то, что может доказать ваше пребывание в РФ до транзита. Если КП проходили в РФ - вообще отлично. Но… Готовьтесь, что с первого захода может не случиться - зависит от местной бюрократии (человеческий фактор). Стучитесь заново, не прекращайте - всё получится.