Подскажите, пожалуйста, если я прилетела в Израиль на 2 недели, мне дали туристическую визу на 3 месяца. Я улечу через 2 недели.

Можете) там не перерыв в полгода. А находится вы можете в стране 90 дней в течение 180. Вы использовали только ~14.

Считается то время, которое Вы были в стране. Перерыв не считается.

Когда вы прилетите в следующий раз, вам дадут новую визу., уже на другой срок. Эта виза автоматически закончит своё действие, когда вы покинете Израиль.