Куплен билет Бишкек-Барселона с посадкой в Стамбуле (перерыв 2ч40мин) Пришло СМС, что вылет из Бишкека перенесен на 3 часа позже. Вопрос: вылет из Стамбула будет перенесен соответственно, или будет предоставлен другой рейс?

Лучше обратиться в авиакомпанию. Скорее всего пересадят на следующий где будет место. Либо надо просить пересесть на рейс из Бишкека раньше, если такое у них возможно.

Если билет единый, довезут. Мы в Стамбуле час сидели в самолете и ждали второй самолет с пассажирами до Барселоны.

Если это именно один билет Бишкек - Барселона, то это проблемы авиакомпании. Вас должны и кормить и разместить в гостинице за счет перевозчика, если не смогут в тот же день увезти из Стамбула. Если 2 билета, то проблемы ваши, но вам могут пойти навстречу, так как косяк явно не ваш. Рейс из Стамбула будет другой, скорее всего, если не нагоните в полете или если у второго рейса не будет задержки.