Если я живу больше дней на Кипре, чем в РФ, то я должна оформлять визу шенген именно на Кипре?

Да, шенген по месту жительства.

А в сентябре 2022 подавалась на шенген (Греческий) в Москве - выдали, парень который пакет документов принимал, говорил, что так нельзя, что лучше на Кипре, но отказать оснований нет. К моменту подачи документов у меня было 6 мес проживания на Кипре и 2 в России в 2022.

Я тоже тем летом подавалась в Москве, в нем посольство. И сама все рассказала и показала, что живу на Кипре. Девушка говорит наверно будет отказ... пришлось быстро менять тактику и добавлять письмо, что не подаюсь на Кипре, так как нет пинк слипа и указала посольство Германии на Кипре со списком доков. Потом звонили из посольства, с таким же вопросом. Так же объяснила.