требуют регистрацию договора купли - продажи в топу - 6%. это 6 % от стоимости, указанной в договоре?

Да.

Не всегда от суммы, указанной в договоре. Кадастр (ТАПУ) может установить оценочную стоимость выше, чем указана в договоре. От нее 6% считают.