Пройдет оплата в Яндекс такси, если Российская карта Мир привязана или надо наличными расплачиваться?

Да.

Даже виза проходит в яндексе.

Яндекс - российская компания с платёжными серверами в россии, следовательно, она принимает любые карты, даже кастрированные российские визы и МК.