Приехал в ПТ как турист, просрочил визу, получил ВНЖ. Будут ли вопросы на контроле если лететь из условной Швейцарии в нешенген? .

Да, всё верно, при наличии португальского или любого другого европейского внж, никаких вопросов на границах шенгена не будет даже после длительного оверстея по тур. визе. Внж перекрывает визы.