Подскажите, пожалуйста, а после подачи доков на внж и до их получения нельзя выезжать в целом из ЕС или именно из Португалии?

Зависит от того, есть ли у вас ещё действительная виза. Подача на внж не даёт специального режима въезда/выезда.

При процессе изнутри? нельзя выезжать из Португалии.