Скажите, если зарегистрироваться на Einreiseanmeldung, а тест будет положительный, будет отмена прибытия на сайте или ничего страшного, что там уже зарегистрирована?

Вы же там указываете номер рейса и ваше место. Если вас снимут с регистрации, то и в Германии будет ясно, что вы не вылетели. Но будем надеяться, что этого не произойдёт)