учитываются ли дни безвизового нахождения на территории Турции, в срок с того момента как подали документы на внж и до рандеву?

Учитываются. С момента назначения рандеву и вплоть до решения положительного/ отрицательного просто ваши безвизовые дни перестают иметь смысл, тк вы официально легально находитесь в стране, но считаться всё также продолжают. То есть если вы пробудете все 90 дней, потом получите отказ - надо будет выезжать и заехать сможете только через 3 месяца опять.