Подскажите пожалуйста, если компании с регистрацией в мейнленде купит товар у компании с регистрацией во фризоне, она будет должна заплатить какие-то налоги или пошлины?

В ОАЭ один налог - НДС. Компании из фризон, в основном, занимаются софтом, а он не попадает под налогообложение. С другой стороны, это деятельность внутри Эмиратов. А она налогооблагаемая.