Подскажите пожалуйста, нужно ли заполнять декларацию здоровья для въезда в Эстонию?

Да, лучше заранее заполнить ее в Интернете еще до прибытия на границу.

С прививкой её не просят.

Можно на самой границе заполнить ее бумажную версию.