сестра с семьёй летит с Будапешта в Москву с транзитом в Баку .без сертификата их не пустят?

Если рейс Будапешт Баку Москва то не не выпустят с транзитной зоны сертификат не нужен.

Для транзитных пассажиров действуют правила страны конечного пункта прибытия.