Лечу из Казахстана в Пхукет, потом в этот же день, самолет с Пхукета в Малайзию. Только Ручная кладь. Получится как транзит?

Транзит получится, если у вас единый билет, без прохождения паспортного контроля по прилету и новой регистрации на следующий рейс. Если вам нужно будет выйти и заново регистрироваться, то это уже не транзит. Это посещение страны по всем правилам и вылет из нее дальше по маршруту)