Подскажите если закончатся 90 дней потом визаран еще 90 дней и если паспорт не будет до этого времени готов как быть в этом случае?!

Согласно прямой статье о пребывании - просто находиться 90 дней Максимум можно с момента въезда. И нужно выехать. Про иное не сказано.