Если подаваться на продление внж Турции, но с новым загранпаспортом — это первичка или все же продление?

Продление.

Вторичка конечно, Загран никакого отношения к продлению не имеет.

Это продление. Просто данные вбиваете так: Номер старого паспорта, а даты нового (сроки) Даже если вы въехали по новому, ваш внж текущий на старом поэтому может сайт при заполнении выдавать ошибку. На рандеву идете с двумя паспортами и там все поймут и сделают свои исправления в данных.