При возврате на Кипр, я просрочила разрешение на выезд, то есть приехала позже 3 месяцев. А можно было уезжать из Кипра только на 3 месяца.

Таможне вы не интересны, вы же не чемодан. Пробуйте, подавайтесь. Вы все равно не узнаете получите ли новый внж, пока не подадитесь.

Это не нарушение, ваш внж был аннулирован по причине отсутствия более 90 дней (т. е. неиспользования). Можете подавать на новый внж, если он вам нужен.