Если я подала документы на ВНЖ, рандеву назначено через месяц, мой двухмесячный срок пребывания в Турции же останавливается?

Нет, на сайте написано что вы должны подать документы не менее чем за 30 дней до конца срока легального пребывания, время рандеву не более чем через месяц назначают, таким образом все совпадет. После рандеву вы имеете право находится в стране до получения икамета на основании квитанции об оплате пошлины за документ.

Да, но находитесь вы легально после подачи. Точнее остатки дней в зачёт не пойдут.