Планирую лететь с Варшавы в Краби с пересадкой в Дубаи (компания FlyDubai) данная компания сама перемещает багаж в аэропорту Дубаи (терминал 3 для обеих рейсов)

Тогда да, вы еще для собственного спокойствия на стойке регистрации спросите, хотя они в любом случае клеят наклейку транзит. Мой чемодан правда по прилету в мск задержался и прилетел на сутки позже, но это бывает когда-то со всеми.