Разрешены ли расчёты между юрлицами взаимозачетом или ценными бумагами?

Скорее нет, чем да. Для операции нужен инвойс, что создаёт налоговую базу. Если нет денег в этом всём, то не с чего взять налог. А такое не приветствуется. Но лучше вам уточнять у консультантов. То, что кто-то владеющий фирмой считает, что нет, не значит, что юрист не окажется в курсе каких-то узких кейсов.

Если оба юр лица договорятся и согласятся. И если ценные бумаги - качественные, так сказать. То почему бы и нет?