Прилетел я в Израиль, получил временный Теудат Зеут.

Три месяца это не пребывания в Израиле. Это срок, за который новый репатриант должен оценить всю прелесть новой родины. Если Израиль "не зашёл" то можно не получать постоянные документы, отказаться от гражданства и уехать. А так биометрические документы можно получить хоть на следующий день, только написать заявление, что своё трехмесячное право на отказ от гражданства использовать не будешь (в обиходе это называется отказ от отказа или ооо ). С перемещениями по Израилю и вне его очередь за документами никак не связана - приходите в нужную дату и подавайтесь. Будут учитывать потом, через год при выдаче постоянного загранпаспорта, чтобы получить даркон на 5 лет (синяя обложка) нужно жить в Израиле 75% времени в течение года. Если отсутствуете больше 3 месяцев в году - вы непостоянный житель и вам полагается документ в красной обложке (Теудат Маавар, в обиходе часто ошибочно называют лессе-пассе).