Подскажите, что делать, если я привёз на прописку в гёч договор аренды, мне отказали, сказали что нужна нотариально заверенная копия договора с кимликом владельца, но у меня такую копию забрали при подаче доков на внж?

Идёте к нотариуса и копию берете, и все. Они сохраняются.

Если сохранился скан, там есть номер. С этим сканом придете к тому же нотариусу и получите нотариальную копию.

Да. Потому что при подаче документов на ВНЖ надо было отдавать ксерокопию нотариально заверенной копии. А саму нотариально заверенную копию оставить у себя, она должна быть у вас. Теперь придётся сделать новую. Так же, копию копии и при прописке. И квитанции тоже копию. Нумаратаж только заберут оригинал, скорее всего, остальное в копиях отдавайте.