Подскажите, если ли у меня ( ИП) договор займа с юрлицом ( оба в РФ) , по которому я получаю проценты ( реально, на р/счет)

Если говорить только про проставление апостиля в России (я исхожу из того, что Вы из РФ), то можно 1) заключить договор, заверив подписи сторон у нотариуса, и на подпись и печать нотариуса поставить апостиль; 2) заключить договор в простой письменной форме, сделать его нотариальную копию, и на неё поставить апостиль.

Коммерческие документы заверяются торговой палатой и после этого на них ставится апостиль.