у меня постоянная регистрация в Ташкенте, я еду на несколько дней в Самарканд\Бухару. Там меня регистрируют в гостинице (они же вроде обязаны?). С моей постоянной регистрацией это никак не противоречит?

И, если не делать там эту регистрацию, могу ли я находиться в городе пару дней без неё? Или нужно обязательно встать куда-то на учёт?

С постоянной противоречий нет. 2 Вставать на учёт не надо...

У меня был опыт, когда была регистрация на 3 месяца в Ташкенте, а ездил на майские в Хиву и Бухару как турист. В гостиницах Хивы и Бухары мне делали регистрацию, при этом временная на 3 месяца не обнулилась.