Читаю таможенные правила по Японии и там написано, что в страну можно ввозить любые суммы, но если больше миллиона йен, то требуется декларирировать. Всё так или я чёт не то вычитал?

Да, именно так, требуется заполнить таможенную декларацию, если в любой валюте денежная сумма больше миллиона иен.

Главное при выезде из другой страны также не забудьте задекларировать если сумма большая.

Да на ввоз — эквивалент 1кк йен. Если больше — надо декларировать. На вывоз, для граждан РФ — до 100к йен. Задекларировать и вывезти больше нельзя.