Чтобы пару дней погулять по Сингапуру с помощью транзитной визы из Тая, есть разница как маршрут составлять: Пхукет - Куала-Лумпур - Сингапур - Пхукет или Пхукет - Сингапур - Куала-Лумпур - Пхукет?

Разницы нет. Главное чтобы разными бронированиями. А одном билете не должны быть вылет и прилет в Тай.

Я бы сказала, что из КЛ оч много людей летит в Сингапур, так что оттуда, скорее всего, не будет проблем.