Подскажите пожалуйста, на какой аэропорт в Токио (И́окото, Нарита, Хенеда) лучше всего прилететь? В чем отличия и есть ли разница вообще?

Йокото.

Ну ханеда ближе к городу чем нарита. Быстрее получится добраться.

Обычно летят туда, куда рейс есть. В Ханеда очень мало международных, с вероятностью 90% вы прилетите в нариту.