Скажите, в Сербии лучше всего оформлять ИП и ВНЖ на мужа, а жена через воссоединение, если муж зарабатывает больше? Или без разницы?

Да заработок не при чем, мы подались после пару дней открытия ИП, какой там заработок показывать то?)

Именно с точки зрения ВНЖ - без разницы. Но учтите, что ИП не может быть фиктивным, вам придётся указывать корректный тип деятельности, платить налоги и действительно работать через него.