Подаю документы на рабочую визу. В личном кабинете почему-то у меня фамилия написала два раза. Это нормально?

Да. У чилийцев перечисляется фамилия и отца и матери. У русских фамилии матери нет, поэтому просто дублируют фамилию отца.