Если граждан РФ проживает в Эстонии с ВНЖ, тоже надо уведомить МВД ? В России не жил никогда.

Предусмотрено исключение для граждан Российской Федерации, постоянно проживающих за пределами Российской Федерации (п. 3 ст. 6 ФЗ "О гражданстве Российской Федерации"). Подозреваю, что в Вашем случае, если человек в РФ вообще не бывает, то не нужно.

По закону срок уведомления начинает "тикать" с даты первого въезда в РФ после получения ВНЖ.