Если прилетаю в 9: 30 и планирую улететь через 4 дня в 12: 30 3 часа времени сочтут за нарушение? Или приемлемо?

Вас, скорей всего, даже на рейс не зарегистрируют из-за превышения 96 часов. А если вы уже в аэропорту Сингапура (мало ли), просто дождитесь когда будет меньше 96 часов, хоть на минуту, прежде чем идти к паспортному контролеру))