если владелец квартиры соглашается при оформлении рвп - он потом должен платить какие-то налоги или какие-то ещё сложности у него могут быть?

Нет, это всего лишь уведомление о проживании иностранца в данной недвижимости ( может это его друг в гости приехал). Максимум - может прийти полиция, чтоб проверить не фиктивное ли уведомление.