возникла проблема, причём не понятно как ее решить. Снимал машину, зафиксировал все повреждения на камеру.

Выпустить выпустят, но если будет обращение в полицию могут не впустить в следущий раз. Хотя из—за царапин вряд ли.

Машину осмотрели и приняли. Залог вернули. Значит, согласились с тем, что машина возвращена в надлежащем состоянии. Что там с ней происходило после этого, вам неведомо. Может, пьяный сотрудник фирмы покатался. Спокойно объясните им, что в полиции скажете то же самое.