Подскажите, чтобы из Омска добраться до Астаны на авто, лучше ехать через Петропавловск? Навигатор показывает другой маршрут, но боюсь что дороги плохие. И где находится граница?

Да, лучше ехать через Петропавловск. Граница перед Петропавловском.

Лучше через Петропавловск. Навигатор показывает у вас скорее всего потому, что в настройках стоит галочка "избегать платных дорог".

Граница в Иссилькуле.