Если муж репатриируется в Израиль по своей линии еврейства один по экстренной, то я с детьми потом смогу к нему приехать и получить паспорта? Или надо сразу всем вместе подаваться?

Только если у Вас своё еврейство есть. Если еврейские корни только по мужу, то репатриироваться надо всём вместе.

Вместе. Иначе потом не факт, что сможете вообще репатриироваться с ребенком.