если я зарегистрирую на свою квартиру в Бишкеке квартирантов , у меня потом не будет проблем?

Нет, не будет. Вы всегда можете сказать, что люди приехали, побыли немного и уехали - в таком случае вы обязаны были их зарегестировать. Сама регистрация не дает никаких прав на недвижимость, пребывание и т. д.

Не будет.

Не будет, года три назад я регистрировала, ничего не будет... если, конечно, это НЕ прописка, а только временная регистрация.