Я проживаю в одной из стран ЕС. Летом планирую посетить Петербург и лететь через Анкару.

Это вы в аэропорту только узнаете и спросите на регистрации) обычно выдают два билета и вы сами должны уточнить подробности на счет багажа)

Зависит от того, какой билет вы оформите. Если одной авиакомпанией и одним билетом, то могут зарегистрировать сразу до конечного пункта, выдав вам два посадочных сразу. Если это будет два разных билета у одной авиакомпании, или две разных АК, то Вам придётся получить багаж в Анкаре и заново регистрироваться на следующий рейс. Обычно при покупке агрегаторы (например, Aviasales), показывают эту информацию.