есть шенгенвиза, прилет через Ларнаку, переезд на северный кипр, есть внж северного Кипра. Какие ограничения по нахождению на южной части?

Стандартно, 90 дней из 180.

У вас не идет счет дней нахождения на территории шенгенской зоны. Вас лишь пустят на ЮК по основанию, что есть шенген. А так, вам верно ответили, то дни нахождения на СК идти будут.