Подскажите кто знает, как мне полететь в Россию из Кыргызстана имея 2 гражданство РФ и КР, с каким паспортом пересекать границу?

Быть может вам лучше письменно обратиться в посольство за разъяснениями, изложив все обстоятельства? Обновить паспорт в конце концов... Или письмо в соответствующие органы. Перед посадкой на рейс письмо распечатать, чтобы избежать отказа в посадке со стороны авиакомпании.

Билет можно купить на любой, но российский у вас просрочен. А вот пограничнику при влете вы обязаны показывать только российский паспорт. Потому что вы для них только гражданин России. И могут быть проблемы. Скорее всего вам нужно обновить его.